مولاوردی در سمت دستیار رئیس جمهور در امور شهروندی در ماجرای «دختران خيابان انقلاب» از تلاش خود برای آزادی آنان سخن گفته بود.او همچنین گفته بود که درباره پلمب شدن اماکن تجاری بهاییان توسط نهادهای امنیتی با نهادهای مربوط نامه‌نگاری شده است.
او همچنین گفته بود که قوانین حجاب« نیاز به بازنگری جدی دارد و قانون کامل و به روزی نیست» و «هرگونه برخورد با موضوع عفاف و حجاب باید فرهنگی و با حفظ کرامت انسان‌ها و با احترام به آنها و به دور از امنیتی کردن موضوع باشد».
استعفا به دلیل بازنشستگی پایان کار شهیندخت مولاوردی در دولت حسن روحانی بود. استعفایی که از آن می توان گلایه های بین طرفین را تشخیص داد. شهيندخت مولاوردی ضمن اعتراض به نحوه اجرای قانون منع به کارگیری بازنشستگان و با اعلام اینکه «منع مشارکت سیاسی نقض بدیهی‌ترین حق انسانی محسوب می‌شود»، استعفا كرد و حسن روحانی نیز در متنی عادی استعفای او را پذیرفت. پیش از این استعفا نیز کار مولاوردی در دولت دوم حسن روحانی تمام شده بود و او تنها جایگاهی تشریفاتی داشت.
چند روز قبل از این استعفا، برخی از اصلاح طلبان او را به عنوان استاندار خراسان رضوی پیشنهاد کرده بودند اما او روز 28 آبان در واكنش به اين شايعه ابراز تعجب کرد. پیش از این نیز پیشنهاد انتصاب مولاوردی به استانداری خراسان جنوبی مطرح شده بود.
مولاوردی 53 سال سن دارد و بنابر يكی از تفاسيری كه در استعفايش مطرح كرده، از لحاظ سنی و مدت خدمت مشمول قانون منع به كارگيری بازنشستگان نمی‌شود. او در دوران رياست جمهوری محمود احمدی نژاد، همچون برخی از مديران دولت خاتمی خود را بازخريد كرده بود. مولاوردی در این باره در مصاحبه با اعتماد گفته بود که در این دولت یک سال مرخصی بدون حقوق گرفته بود اما « فضا به‌شدت بسته بود» و «مجبور» شده خود را بازخرید کند.
شهيندخت مولاوردی در دوره رياست جمهوری محمد خاتمی مدير امور بين‌الملل مركز مشاركت امور زنان و خانواده بود و پس از آن به اداره دفترخانه خود در تهران می‌پرداخت. او در مصاحبه ای گفته بود که خانواده اش تمایل نداشتند بار دیگر به دولت بازگردد و وقتی سمت معاون رئیس جمهور در امور زنان را پذیرفته دخترانش در اعتراض« سه روز تمام از اتاق‌هایشان بیرون نمی‌آمدند».
محتوای استعفای مولاوردی و پاسخ روحانی حکایت از گلایه های مطرح بین طرفین دارد. مولاوردی در مصاحبه‌هايش گفته‌بود كه استفاده نكردن از ظرفيت زنان و جوانان در كابينه دوم روحاني «دیگر قابل دفاع نیست».
زهرا شجاعی، رئیس این مرکز در دولت خاتمی، گفته بود که حسن روحانی بار دیگر این سمت را به او پیشنهاد کرده اما او مولاوردی را توصیه کرده است.
به دلیل فضای متفاوت درباره مطالبات زنان اما عملکرد مولاوردی بیشتر از شجاعی مورد توجه قرار گرفت. بخشی از این شهرت نیز ناشی از مواضع نسبتا صریح مولاوردی،روحیه متفاوت و حضورش در شبکه های اجتماعی بود.
او برخلاف برخی دیگر از مقامات جمهوری اسلامی گفته بود كه در زمان انقلاب ،يعنی در 13 سالگی، اصلا از مبارزات سياسی سردرنمی‌آورده و فقط يكبار در كلاس پنجم ابتدايي اسم آیت الله خمینی را شنيده بوده. او گفته بود كه جوانی نكرده و هنوز از لحاظ «جوانی كردن» ميان دختران و پسران تبعيض وجود دارد.
مواضع شهيندخت مولاوردی او را به يكی از سوژه‌های داغ رسانه‌های اصولگرا تبديل كرد. از جمله اين مواضع انتقاد از به کارگیری هفت‌هزار مأمور نامحسوس پلیس امنیت، افشای معضل فروش نوزادان در شکم مادر، اصلاح قانون اجازه همسر برای خروج زنان از کشور، حمايت از حضور زنان در ورزشگاه و مخالفت با سهمیه‌بندی جنسیتی بود.
او همچنین گفته بود که قوانین حجاب« نیاز به بازنگری جدی دارد و قانون کامل و به روزی نیست» و «هرگونه برخورد با موضوع عفاف و حجاب باید فرهنگی و با حفظ کرامت انسان‌ها و با احترام به آنها و به دور از امنیتی کردن موضوع باشد».
مجموع اين مواضع موجب شد كه مولاوردی از سوی رسانه‌های اصولگرا به مسائلی از جمله فراهم آوردن خوراك برای «رسانه‌های معاند» و «احمد شهید»؛گزارش‌گر ويژه حقوق بشر سازمان ملل متهم شود.
از جمله نشریه یالثارات، وابسته به گروه انصار حزب الله، در مطالبی از جمله «دیوار شکسته و زن سلیطه» و «دعوت به فحشا زیر پوشش آزادی» به مولاوردی «توهین جنسی» کرد.
در پی اين این نوشته ها، مولاوردی، هدف ارگان انصارحزب الله از اين نوشته را «زهرچشم گرفتن» عنوان كرد و گفت كه آنها می خواهند به زنان يادآوری كنند كه «معاون رئیس‌جمهور هم که باشند از تیغ تیز تخریب‌ها در امان نیستند».
در فروردين 1395 مولاوردی به‌دليل اظهاراتی كه اسفند 1394 درباره اعدام مردان یک روستای سيستان و بلوچستان بیان كرده بود، به دادگاه احضار شد. او در سخنانی درباره لزوم حمايت از بازماندگان اعدام‌شدگان گفته‌بود: «ما روستایی را در سیستان و بلوچستان داریم که تمامی مردان آن روستا اعدام شده‌اند. بازماندگان آنها امروز قاچاقچی بالقوه هستند هم از این نظر که بخواهند انتقام پدران خود را بگیرند هم برای تأمین منابع مالی خانواده ها، اما هیچ حمایتی از این افراد نمی‌شود».
اما اين اظهارات از سوی مقامات قوه قضائیه به «انتقاد از شمار بالای اعدام« تعبير و مولاوردی به اتهام «نشر اكاذيب و افترا» از سوی دادگستری استان سيستان و بلوچستان متهم شد.
در آستانه انتخابات ریاست جمهوری 96 نیز فاطمه آلیا به عنوان مسئول کمیته زنان ستاد ابراهیم رئیسی، مدعی شد معاونت امور زنان دولت روحانی، آمار زنان مطلقه‌ی بین ۲۰ تا ۲۵ سال را برای تن فروشی در آنتالیا به سازمان ملل داده است.
دیدگاه ها درباره عملکرد اجرایی مولاوردی در سمت معاونت زنان رئیس جمهور متفاوت است. برخی معتقدند که در دوره او نیز تغییر خاصی در وضعیت زنان رخ نداده است.
مولاوردی نیزگفته که این معاونت بیشتر وظیفه هماهنگی بین دستگاه ها را دارد و مانند وزارتخانه ها نیست که درباره موضوعات اختیارات مستقیم داشته باشد.
او تاکید کرده بود: «اینکه بگویم خروجی ملموسی مثل وزارتخانه‌ها داشتیم، اینجا به این شکل نبوده، ولی … مسیر حرکت و نقشه راه حوزه زنان و خانواده را امروز دقیقًا مشخص کردیم و تغییر ادبیات و گفتمانی که در حوزه زنان و خانواده در این دوره که همه به آن اذعان دارند».
ارائه لایحه «مرجع ملی صیانت و حمایت از زنان در برابر خشونت» پیشنهاد ایجاد «مرجع ملی پیشگیری از قاچاق انسان»، پیشنهاد تعیین مجازات‌های جایگزین برای زنان زندانی با اتهام اعتیاد و مواد مخدر با محکومیت کمتر از ۹۱ روز، درخواست اختصاص اعتبار خاص برای درمان قربانیان اسیدپاشی از جمله فعالیت های انجام شده در دوره مدیریت او بوده است.
او درباره موانع فعاليتش در معاونت امور زنان گفته بود: «خیلی سعی شد تا ما را به حاشیه ببرند و فرصت پرداختن به ماموریت‌های اصلی را از ما سلب بکنند. حتی فکر می‌کنم، اگر من بازهم در این پست می‌ماندم، این مانع‌سازی‌ها شدت پیدا می‌کرد؛ البته اگر در معاونت امور زنان می‌ماندم خودم را برای مقابله با این موانع آماده کرده بودم».
در نهایت اما حسن روحانی در دوره دوم رياست جمهوری، مسئوليت دستیار ویژه رئیس جمهور در امور حقوق شهروندی را به مولاوردی واگذار كرد؛ جايگاهی كه از ديدگاه بسياری تشريفاتی بود. مولاوری در اين جايگاه هم كمابيش همچون قبل به اعلام مواضع و حمايت از زنان می‌پرداخت.
مولاوردی در سمت دستیار رئیس جمهور در امور شهروندی در ماجرای «دختران خيابان انقلاب» از تلاش خود برای آزادی آنان سخن گفته بود.
او همچنین گفته بود که درباره پلمب شدن اماکن تجاری بهاییان توسط نهادهای امنیتی با نهادهای مربوط نامه‌نگاری شده است.
در انتخابات مجلس دهم نامزد شدن حمید آیتی، همسر مولاوردی از بیرجند خبرساز شد. رسانه‌ها نوشتند كه آيتی، كه حقوقدان و رییس پژوهشکده فرهنگ، هنر و معماری است، با حمايت همسرش قصد دارد به مجلس راه پیدا کند. آیتی اما در راهیابی به مجلس ناکام ماند و در انتخابات شورای شهر نیز نامش در فهرست اصلاح طلبان قرار نگرفت.
در دوره انتخابات همچنین رسانه های محلی اصول گرا تصویر دیدار مولاوردی و همسرش با مصطفی تاج زاده را منتشر کردند و به دیدارآنان با معاون سیاسی وزیر کشور دولت خاتمی پس از آزاد شدن او از زندان اعتراض کردند.
محتوای استعفای مولاوردی و پاسخ روحانی حکایت از گلایه های مطرح بین طرفین دارد. مولاوردی در مصاحبه‌هايش گفته‌بود كه استفاده نكردن از ظرفيت زنان و جوانان در كابينه دوم روحاني «دیگر قابل دفاع نیست». او درباره منصوب نشدن وزیر زن در دولت دوم روحانی نیز گفته بود:« در خوشبينانه‌ترين حالت ادامه وضع موجود را در كابينه دوازدهم خواهيم داشت كه اسمش را درجازدن مي‌توان گذاشت تا بازگشت به عقب».
درنهایت این «درجا زدن» دولت روحانی سرنوشت مولاوردی را به سرنوشت ناخوشایند دیگر زنانی تبدیل کرد که قصد داشتند در قالب جمهوری اسلامی تغییراتی در وضعیت زنان به وجود بیاورند. او دراستفعای خود نوشت که « به سهم خود از تمام تقصیرات و قصورات در برآوردن انتظارات، به رغم تمام تلاشها و پیگیری ها از تک تک شهروندان » عذرخواهی می کند.
